В связи с планами Российской Императорской Академии Наук и Русского географического общества по проведению магнитной съемки Сибирских территорий России академик Г.И. Вильд в 1882 г. обратился в Министерство народного просвещения с предложением об учреждении в Екатеринбурге и в Иркутске магнитно-метеорологических обсерваторий. В 1884 г. это предложение было принято Государственным Советом и высочайше утверждено (Полное собрание Законов Российской Империи, т. IV, N 2548).

Директором магнитно-метеорологической обсерватории в Иркутске был назначен 34-летний ученый секретарь Главной физической обсерватории надворный советник Эдуард Васильевич Штеллинг, который осенью 1885 г. приехал с инструментами из столицы в Иркутск и выбрал место для обсерватории на окраине города. В настоящее время там находится Иркутская метеостанция.

При содействии городского головы В.П. Сукачева в 1886 г. были построены основные здания и установлены голландские и немецкие измерительные приборы. С 1 января 1887 г. были начаты ежечасные измерения магнитного поля Земли в Иркутске. В 1905 г. на обсерватории были установлены фоторегистраторы для непрерывной записи вариаций трех компонент магнитного поля. Основные методы измерений и обработки данных сохранялись до последнего десятилетия.

В 1996 г. была начата непрерывная цифровая регистрация вариаций геомагнитного поля и компьютерная обработка данных. Несмотря на все общественно-политические катаклизмы и неоднократный перенос места обсерваторских наблюдений из-за возрастания промышленных помех, более 110 лет Иркутская обсерватория не прерывала свою круглосуточную работу.

Данные обсерватории публиковались в трудах Главной геофизической обсерватории, Русского географического общества, ИЗМИРАН, МЦД-Б2 и широко использовались в геофизической науке и специальных исследованиях. Магнитная обсерватория за свою историю неоднократно участвовала в подготовке полярных научно-исследовательских экспедиций и в различных международных научных программах.